Родители Матроны отличались глубоким благочестием и любили вместе бывать на богослужениях. Матронушка буквально выросла в храме, ходила на службы сначала с матерью, потом одна, при всякой возможности. Не зная, где дочка, мать обычно находила ее в церкви. У нее было свое привычное место — слева, за входной дверью, у западной стены, где она неподвижно стояла во время службы. Она хорошо знала церковные песнопения и часто подпевала певчим. Видимо, еще в детстве Матрона стяжала дар непрестанной молитвы.
Когда мать, жалея ее, говорила Матронушке: «Дитя ты мое несчастное!» — она удивлялась: «Я-то несчастная? У тебя Ваня несчастный да Миша». Она понимала, что ей дано от Бога гораздо больше, чем другим.
Даром духовного рассуждения, прозорливости, чудотворения и исцеления Матрона была отмечена Богом с ранних пор. Близкие стали замечать, что ей ведомы не только человеческие грехи, преступления, но и мысли. Она чувствовала приближение опасности, предвидела стихийные и общественные бедствия. По ее молитве люди получали исцеление от болезней и утешение в скорбях. К ней стали ходить и ездить посетители. К избе Никоновых шли люди, тянулись подводы, телеги с больными из окрестных сел и деревень, со всего уезда, из других уездов и даже губерний. Привозили лежачих больных, которых девочка поднимала на ноги. Желая отблагодарить Матрону, они оставляли ее родителям продукты и подарки. Так девочка, вместо того чтобы стать обузой для семьи, стала ее главной кормилицей.
Родители Матроны любили ходить в храм вместе. Однажды в праздник мать Матроны одевается и зовет с собой мужа. Но он отказался и не пошел. Дома он читал молитвы, пел, Матрона тоже была дома. Мать же, находясь в храме, все думала о своем муже: «Вот, не пошел». И все волновалась. Литургия закончилась, Наталия пришла домой, а Матрона ей говорит: «Ты, мама, в храме не была». «Как не была? Я только что пришла и вот раздеваюсь!» А девочка замечает: «Вот отец был в храме, а тебя там не было». Духовным зрением она видела, что мать находилась в храме только телесно.
Как-то осенью Матронушка сидела на завалинке. Мать ей говорит: «Что же ты сидишь, холодно, иди в избу». Матрона отвечает: «Мне дома сидеть нельзя, огонь мне подставляют, вилами колют». Мать недоумевает: «Там нет никого». А Матрона ей объясняет: «Ты же, мама, не понимаешь, сатана меня искушает!»